Naast de evolutieleer, creationisme en Intelligent Design wordt ook zelforganisatie wel eens aangedragen als verklaring voor het ontstaan van ordelijke structuren in een wereld van chaos. Zelforganisatie, een reactie op complexiteit in de vorm van een herkenbaar en voorspelbaar patroon of proces, sluit nadrukkelijk de aanwezigheid van een intelligentie uit. De grote sturende en organiserende factor wordt gevormd door een samenspel van natuurwetten.

Een bekend voorbeeld ter illustratie van zelforganisatie is het ontstaan van orde in een doos met grote en kleine ballen. Wanneer dit systeem wordt geschud, zal er door de zwaartekracht een structuur ontstaan waarbij de kleine ballen zich onder de grote ballen zullen positioneren. Door de willekeurige, niet-intelligente handeling van het schudden en de aanwezigheid van zwaartekracht is er orde ontstaan in een chaotisch systeem.

Toch zouden aan zelforganisatie geen creërende krachten moeten worden toegekend. Door het onverbiddelijke, rigide karakter van de wetmatigheden waarmee het werkt zal het eindproduct van zelforganisatie immers altijd slechts afhankelijk zijn van de beginproducten, hun positie, en de krachten die zich binnen het systeem bevinden. Gegeven de startomstandigheden zal het proces altijd tot hetzelfde eindresultaat leiden. En juist daarin ligt het grote probleem van zelforganisatie als ontstaansmechanisme: de natuurwetten bieden te weinig creativiteit tot het creëren van de enorm complexe diversiteit aan structuren die noodzakelijk zijn voor het bestaan van het leven.

Neem als voorbeeld een eenvoudig, maar essentieel eiwit, bestaande uit enkele honderden aminozuren. Ieder aminozuur is als een geladen bal, variërend van klein tot groot. Het eiwit als geheel is echter geen reeks van ballen die keurig op grootte – of een andere eigenschap – zijn geordend, een eindresultaat dat bereikt zou worden door de aanwezigheid van bijvoorbeeld een zwaartekrachtveld. De ordening van ballen lijkt geheel willekeurig, niet te bevatten in wetmatigheden, terwijl het eindresultaat een volmaakt functioneel eiwit is. Uiteraard valt hier tegenin te brengen dat de uiteindelijke ordening mogelijk is ontstaan door het werk van natuurkrachten die ons onbekend zijn, maar ik denk dat uiteindelijk zal blijken dat intelligentie het meest rationele antwoord is om de kloof tussen wetmatige organisatie en betekenisvolle structuren werkelijk op te vullen.